Situé à 37km de Montpellier, à 7 km de Gignac (chef lieu du Canton) et 8km de l’accès à l’autoroute A750 (sortie n° 58 à Saint André de Sangonis) . La commune dépend de la préfecture de Montpellier et de la sous préfecture de Lodève.
Saint Jean de Fos a comme communes voisines : Aniane, Gignac, Lagamas, Montpeyroux et Saint Guilhem le Désert.
Elle est l’une des 28 communes qui constituent la Communauté de Communes de la Vallée de l’Hérault et fait partie intégrante du Pays Cœur d’Hérault.
Elle fait partie des 5 communes qui constituent le 8e Grand Site de France labellisé "St Guilhem le Désert - Gorges de l’Hérault".